在生物潔凈室的設計中，對潔凈度的要求非常高，在減少室內污染的同時，確保對外室的壓差關系，這對于產品的質量和工藝起到關鍵性因素。不同生產工藝的要求在同一區域內，具有不同等級的潔凈室，正壓控制區內，有負壓要求的房間，以限制污染空氣向周圍擴散。負壓區域內也有相對正壓的要求，保護外在環境中的產品受到污染，要達到潔凈度的要求，對于室外潔凈區之間有一個壓力遞增的關系。以較低級別正壓10帕來講，按照要求，較高靜壓差值要有25帕左右，以保證每一個不同區域有一個明確的壓差值，確保生產過程中的穩定性。要以壓差作為控制指標，對不同的潔凈室壓差建立一個控制系統，保證其對于室外的壓差值，達到壓差關系的平衡。在操作過程中，要注意設定值的選取控制值的穩定性。

設定值的選取從節能和保證潔凈度考慮，規定要求中靜壓差的下限值，無上限要求。因此系統的風量設計通?？紤]控制中的波動因素，設計壓差值選取過大，例如相鄰等級不一樣的潔凈室之間，以10帕為控制標準，則較高等級室內的壓差設定值相對室外能達到40帕以上。為了可靠，有可能把設定值選的更高，盡管滿足了要求，卻因加大送風量，加大了凈化空調系統中新風的處理量，減少了回風的利用率，加大處理為保證靜壓而需要的新風量所消耗的冷熱量，避免了能源損耗。不同等級的潔凈室潔凈區與非潔凈區間的靜壓保持在2.94帕，潔凈區與室外的壓差保持在4.9帕，以此保證潔凈室不受外界的空氣污染。要達到壓差控制的要求，壓差控制的穩定性很重要，以壓差為控制對象的閉環控制系統里，有很多影響其穩定的因素，靜態調試中機組總送回風量的波動，如靠調節新風量控制潔凈室風壓的單風機空調機組，新風量波動時，會干擾回風量的波動。送回風支管的風量波動，由于一臺空調機組控制很多房間，有些潔凈室壓差變化使自控回風閥調節，改變了風管回風量，這樣會其他房間的壓差穩定，生產過程中局部排風設備的開停，會破壞房間的壓差平衡，系統需重新調節回風量，讓壓差回到設定值。潔凈室門的開關對面積較小的房間，影響較大。還有室內人員的走動和設備運轉，會干擾氣流走向，使壓差檢測值處于不穩定狀態。